CT和磁共振检查主要用于区别X线不能分辨的软组织间的微小差别，其中CT对肾组织较为敏感，磁共振对膀胱及前列腺病变较敏感，两者均可鉴别肾囊肿及肾实质性肿块。故X线检查诊断不清楚的肾脏小囊肿、泌尿系统肿瘤、泌尿系小结石等需要做CT或磁共振检查。
CT和磁共振检查都是形态学检查，对肾脏的病理变化及肾功能估计无帮助，不能用其取代肾脏的其他检查。
